Kalajärvi saa lähes kaiken vetensä lähteistä. Kalajärven kylän kohdalla on iso pohjavesiallas, josta suodattuu jatkuvasti puhdasta kylmää vettä järveen. Varsinaisia pintapuroja on järven molemmilla rannoilla vain pari kappaletta, nekin kesäaikaan yleensä täysin kuivia.
Voimakas pohjavesivirtaus tuo järveen jatkuvasti uutta viileää vettä. Kuumina kesäpäivinä toki vesi lämpiää nopeasti, koska vapaa vedenkorkeus on varsin matala. Tyyninä päivinä veden lämpötilan kerrostuminen on kuitenkin selvästi havaittavissa, varpaita paleltaa vaikka olkapäillä vesi on mukavan lämmintä.
Talvella ja ennenkaikkea keväisin on syytä muistaa että lähteistä nouseva virtaus synnyttää helposti keväällä sulavaan jäähän uveavantoja. Avannot voivat joskus olla huomaamatta lumen alla piilossa, eikä niitä ole helppo huomata. Onneksi Kalajärven avannot ovat yleensä todella pieniä, suurinpiirtein pilkkireiän kokoisia. Kukaan ei niihin ole vielä kuuleman mukaan kokonaan pudonnut, mutta jalkaa on joskus uitettu.
Keväällä 2025, lähteen paikka luisteluradalla